チェックしておくと、起動時に前回終了時のフォルダーを読み込むことができます。ファイルツリーの先頭フォルダー（複数）を記録し、起動時に再現します。フォルダーが別の先頭フォルダーのサブフォルダーの場合はそちらに含まれるので記録されません。

参考：
ファイルツリーのD&Dでノードの移動が可能なので、先頭フォルダーを移動させることで次回読み込みの順序を変更することができます。