文字コード「自動」とは 基本はISO-8859-1で保存しますが、日本語などISO-8859-1で表せない文字が含まれるフレームはUTF-16で保存します。
ID3v2タグの削除に関して ID3v2タグを削除する場合は確認のダイアログを開きます。また、ID3v1タグがある場合は、ID3v2タグ削除を選択しても、次回の読み込み時に残っているv1タグからv2.3に変換されます。よって完全にクリアしたい場合は、v1タグを削除してからv2タグを削除してください。